Podatki so shranjeni v eni sami datoteki, podatkovni bazi, ki se nahaja v mapi Data. Ime datoteke je BazaDDV.abs. Ob izhodu program v mapo Arhiv samodejno arhivira podatkovno bazo vsakič, ko je bila narejena kakršnakoli sprememba podatkov. Za večjo varnost podatkov je priporočljivo kopiranje baze na CD ali kak drug medij. Najboljša zaščita podatkov pa je prepis na oddaljen računalnik - strežnik. Program ima vgrajeno tudi to možnost in sicer s klikom na menu Strežnik -> Varnostna kopija. Program ponudi prepis podatkovne baze na strežnik vsakič, ko zaženemo Poročilo DDV in nas vpraša če želimo bazo prepisati na strežnik. Če to želimo potem izberemo Da oz Yes.
Zelo dobra zaščita podatkov je tudi ta, da si bazo pošljemo kar v svoj email poštni predal.